Bien que ses collections ne soient pas assez mises en valeur, le Musée archéologique de San Juan présente un grand intérêt pour qui veut découvrir l'histoire culturelle de la province depuis 8 500 ans, l'évolution des techniques, de l'habitat et des rites. Outre des poteries, outils et tissages, on reste interdit devant les momies d'hommes, femmes et enfants en parfait état de conservation. La plus célèbre est sans conteste la momie mise au jour à 6 300 m d'altitude, témoignage des rites sacrificiels incas.