Chef-d'oeuvre du gothique isabélin, la Chapelle royale fut réalisée par Enrique Egas. À l'intérieur, une spectaculaire grille de Bartolomé de Jaén ferme le transept où se trouvent le mausolée des Rois Catholiques et celui de leur fille Jeanne la Folle et de son époux. Un magnifique retable plateresque orne le maître-autel. Le musée abrite des objets à la valeur historique exceptionnelle et une extraordinaire collection d'oeuvres de maîtres espagnols, flamands et italiens.