Situé à Nagasaki, à moins de 1 km de la gare et à 14 minutes à pied du musée d'histoire de Nagasaki, l'APA Hotel Nagasaki Dejima propose des chambres climatisées avec salle de bains privative. Il propose un restaurant, une réception ouverte 24h/24, une bagagerie et une connexion Wi-Fi gratuite. Cet établissement non-fumeurs se trouve à 3,6 km du musée de la bombe atomique de Nagasaki. Toutes les chambres comprennent un bureau, une télévision à écran plat, une salle de bains privative, du linge de lit et des serviettes. Tous les logements comprennent un réfrigérateur. L'APA Hotel Nagasaki Dejima se trouve à proximité de l'église catholique Oura, du jardin Glover et du musée d'art préfectoral de Nagasaki. L'aéroport de Nagasaki, le plus proche, est implanté à 38 km.